船用油水分离器采用一级斜板重力和聚结分离——二级纤维滤器——三级超滤膜渗透分离等原理，使含油污的舱底水达到IMO MEPC.107(49)决议排放标准。

船舶舱底水因柱塞泵的抽吸进入一级分离器，内部为真空负压状态，避免了以往压力状态造成含油舱底水的搅动乳化以致难以分离的问题。柱塞泵排出液经过二级纤维滤器吸附、过滤处理，再进入三级超滤，就可以保证排放液内含油量不致超标。

船用油水分离器油份浓度计（即15ppm舱底水报警装置）用来测量排放液的油份浓度，如果发现测量排放液的油份浓度超标，则会自动转向三级处理。

排放液的油份浓度超标，油份浓度计报警，则会令排放不合格水气动阀打开，使不合格的水排至舱底而不排向舷外。